Mas deveria existir uma razão para que o Santo se confessasse pecador e imperfeito. Acreditava ele que neste mundo de iniqüidade predomina a paixão e o pecado, e a vida eterna está reservada para quem os combate com fervor. Não descuidava nenhum instante de seus defeitos. Em seus escritos observamos seguidas exortações em que São Francisco chama a atenção de si mesmo e de seus servos para esta realidade:

"E estejamos perfeitamente cônscios de que não nos cabem a nós senão vícios e pecados; porém devemos alegrar-nos "quando passamos por diversas tentações" (Tg 1,2) e somos obrigados a suportar todas as angústias e tribulações da alma e do corpo neste mundo por amor à vida eterna". (São Francisco de Assis, Parte I, Fragmentos de Outra Regra Não-Bulada, p. 106)

Quando emprega o termo "vida eterna" deixa claro que o verdadeiro mundo Cristão não era aqui. Pelo contrário, para manter vivos os preceitos do Evangelho do Nazareno teve que lutar arduamente contra si próprio, contra as paixões humanas e contra a resistência de seus opositores.

Em vários momentos era tomado por êxtase e se transfigurava. Nestas horas encontrava-se com seu espírito eterno e parecia se deslocar para outros planos. Se existia essa contraposição entre a vida futura e a vida eterna no coração do apóstolo é fácil concluir que para ele a Terra não era a verdadeira obra de Deus, que o paraíso eterno pertencia àqueles que cumprissem os desígnios do Pai, e que vencessem este mundo de dor e provas.

Outro chamamento importante pronunciado por Francisco dizia respeito à cólera:

"E onde quer que estejam os frades, [onde quer que se encontrem, devem se rever e honrar "mutuamente sem murmuração" (1Pd 4,9). E procurem não se mostrar tristes, carrancudos e hipócritas; mas "alegres no Senhor" (Fl 4,4), joviais e amáveis], corteses como convém". (São Francisco de Assis, Parte I, Fragmentos de Outra Regra Não-Bulada, p. 107)

Sabia ele que o método de vida franciscana não era fácil, e que exigia de seus seguidores renúncia e abnegação, o que despertaria normalmente a tristeza no coração dos fiéis. Porém os exortava a permanecerem alegres, tal qual pai Francisco sempre fazia. Era exigente consigo e com seus irmãos, mas não perdia a sua jovialidade natural, não deixava de se deleitar com as maravilhas da natureza nem de se alegrar com a árdua missão de servir ao próximo.

O apóstolo quis estabelecer no mundo os princípios Cristãos vivenciados de forma prática por meio de regras de conduta que possibilitassem ao indivíduo a superação de suas paixões, a prática da caridade, o amor ao próximo e o desapego das coisas materiais. Viveu intensamente para Cristo e levou até as últimas conseqüências seu ideal franciscano, convertendo pessoas por todos os lugares que passava e deixando um exemplo de vida reta, justa, abnegada e totalmente voltada para a expansão do bem no coração de todos.