Certa vez, fez uso de várias peças valiosas de sua família e as vendeu na cidade de Foligno. Ao retornar para Assis, sua cidade natal, no meio do caminho encontra uma Igreja muito antiga, ruindo aos pedaços. Tratava-se de um templo erguido em homenagem a São Damião. Lá dentro encontrava-se um sacerdote pobre que cuidava da Igreja. Francisco beijou suas mãos e pediu para ali morar. O sacerdote estranhou a disposição do jovem, pois já havia visto Francisco em seus devaneios mundanos pouco tempo atrás. O líder religioso decide não aceitar o dinheiro, mas consente que o jovem de Assis venha morar no templo religioso. Convicto de sua missão, Francisco joga pela janela a farta quantia em dinheiro que havia recebido, desprezando-a como se nada fosse. A partir deste episódio ocorre sua aproximação com a igreja, seu apostolado estava iniciado.

Convencido de seu compromisso, decidiu restaurar a igreja de São Damião. Com suas próprias mãos reergueu a casa de Deus, conferindo-lhe nova expressão. Neste local foi fundada mais tarde a Ordem das Senhoras Pobres e Santas Virgens, aproximadamente seis anos após a conversão de Francisco.

Não satisfeito, o apóstolo continuou seu trabalho. Mudou-se para outra cidade, reformando com o mesmo entusiasmo outra igreja. Em seguida foi a Porciúncula, onde havia um templo cristão dedicado a Nossa Senhora que estava completamente abandonado. Reformou-o da mesma forma, trabalhando arduamente. Passou a vestir-se com um hábito de ermitão amarrado com uma correia e andava com um bastão.

Concluída a sua tarefa de reforma das igrejas, decidiu iniciar longo trabalho de pregação, com o objetivo de auxiliar os irmãos que se encontravam em erro. Tomás de Celano descreve:

"Depois disso, começou a pregar a todos a penitência, com grande fervor de espírito e alegria da alma, edificando os ouvintes com a linguagem simples e a nobreza de coração. Sua palavra era um fogo ardente que penetrava o íntimo do coração e enchia de admiração todas as inteligências. Parecia todo transfigurado, e olhando para o céu desdenhava ver a terra. (...) Em todas as pregações, antes de propor aos ouvintes a palavra de Deus, invocava a paz dizendo: "O Senhor vos dê a paz". Anunciava-a sempre a homens e mulheres, aos que encontrava e aos que lhe iam ao encontro. Dessa forma, muitos que tinham desprezo à paz, como também à salvação, pela cooperação do Senhor abraçaram a paz de todo o coração, fazendo-se também eles filhos da paz, desejosos da salvação eterna". (São Francisco de Assis, Parte II, Vida I, Cap. 10, p. 195)

Seu poder de transformar as almas era imenso e falava na terra vendo as belezas do céu. Sedento por divulgar as maravilhas que tinha experimentado, Francisco resolve angariar irmãos para ajudá-lo na tarefa de divulgação do Cristianismo.

Assim foram chegando irmãos de paz para auxiliá-lo em sua missão. Dentre eles, encontrava-se Frei Bernardo, companheiro que se tornaria exemplo de devoção. Quando ele começou a conviver com Francisco percebeu a existência de uma força poderosa que acompanhava o novo apóstolo do Cristo. A partir de então, vendeu todos os seus bens e os deu aos pobres. O número de companheiros ia aumentando, Frei Egídio, Frei Filipe, até se tornarem doze seguidores fiéis.

Percebendo que havia reunido um grupo forte e disposto à luta pelo Evangelho, inspirado nas ações do Nazareno, Francisco os reúne e decreta:

"(...) Ide, caríssimos, dois a dois, por todas as partes do mundo, anunciando aos homens a paz e a penitência para a remissão dos pecados; sede pacientes na tribulação, confiando que o Senhor vai cumprir o que propôs e prometeu. Aos que vos fizerem perguntas respondei com humildade, aos que vos perseguirem abençoai, aos que vos injuriarem e caluniarem agradecei, porque através disso tudo nos está sendo preparado um reino eterno". (São Francisco de Assis, Parte II, Vida I, Cap. 12, p. 199)

Convencido de sua tarefa, Francisco pregava incansavelmente de cidade em cidade. Seu método era educar as pessoas de forma firme e às vezes até dura, conforme percebemos nesta passagem:

"(...) Apoiado na autorização apostólica que lhe tinha sido concedida, agia em tudo destemidamente, sem adular nem tentar seduzir ninguém com moleza. Não sabia lisonjear as culpas de ninguém, mas pungi-las. Nem sabia favorecer a vida dos pecadores, mas atacava-os com áspera reprimenda, porque já se havia convencido primeiro na prática das coisas que estava dizendo aos outros em palavras. Não precisando temer acusadores, anunciava a verdade sem medo, de maneira que até os homens mais letrados, que gozavam de renome e dignidade, admiravam seus sermões e em sua presença sentiam-se possuídos de temor salutar". (São Francisco de Assis, Parte II, Vida I, Cap. 15, p. 204)